Chính phủ đã hỗ trợ các địa phương hơn 7.700 tỷ đồng để chi cho việc sắp xếp đơn vị hành chính, bảo đảm cơ sở vật chất cho cơ quan, đơn vị sau sắp xếp. Tuy nhiên, quá trình triển khai vẫn còn nhiều điểm nghẽn, một số xã chưa bố trí được kế toán trưởng hoặc phụ trách kế toán, gây vướng mắc trong việc mở tài khoản tại Kho bạc và chi trả lương cho người lao động,