Khu bảo tồn biển tỉnh Cà Mau có tổng diện tích 27.000 ha. Trong đó, diện tích các phân khu chức năng 18.000 ha và vùng đệm 9.000 ha. Phạm vi khu bảo tồn biển bao quanh các Cụm đảo Hòn Khoai; Cụm đảo Hòn Chuối và Cụm đảo Hòn Đá Bạc.
Khu bảo tồn hướng tới bảo vệ và bảo tồn nguồn lợi thủy sản, các loài sinh vật biển, nhất là những loài quý hiếm, có giá trị kinh tế. Khu bảo tồn cũng giúp bảo vệ môi trường, các hệ sinh thái, cảnh quan tự nhiên gắn với phát triển du lịch sinh thái bền vững, cải thiện sinh kế của cộng đồng ngư dân địa phương, góp phần phát triển kinh tế biển.
Mục tiêu cụ thể là giúp bảo vệ các hệ sinh thái tự nhiên, đặc thù và quan trọng của tỉnh như: Rạn san hô đảo Hòn Chuối và Hòn Hàng; bảo tồn đa dạng sinh học, cảnh quan thiên nhiên độc đáo của cụm đảo Hòn Khoai, Hòn Chuối và Hòn Đá Bạc để phục vụ cho nghiên cứu khoa học, giáo dục, du lịch sinh thái, du lịch mạo hiểm, nghỉ dưỡng.
Định hướng phát triển Khu bảo tồn biển tỉnh Cà Mau cũng sẽ gắn liền với bảo vệ và phát triển các giá trị văn hóa truyền thống, các di tích lịch sử, giá trị nhân văn trên đảo; Góp phần tăng cường công tác bảo vệ quốc phòng, an ninh và chủ quyền biển đảo của Tổ quốc.
