Theo đó, quá trình điều tra vụ án "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí; Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng; Đưa hối lộ; Nhận hối lộ; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi" xảy ra tại Công ty TNHH Thương mại Vận tải và Du lịch Xuyên Việt Oil và một số cơ quan, tổ chức liên quan, Bộ Công an đã thi hành quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam và lệnh khám xét đối với ông Đỗ Thắng Hải.
Trước đó, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với: Mai Thị Hồng Hạnh, Giám đốc Công ty Xuyên Việt Oil và Nguyễn Thị Như Phương, Phó Giám đốc Công ty Xuyên Việt Oil về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", theo Điều 219 Bộ luật Hình sự; Lê Đức Thọ, Nguyên Bí thư Tỉnh uỷ Bến Tre, về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi", theo Điều 358 Bộ luật Hình sự; Lê Duy Minh, Giám đốc Sở Tài chính Thành phố Hồ Chí Minh, nguyên Cục trưởng Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh, về tội "Nhận hối lộ" theo Điều 354 Bộ luật Hình sự.
Các quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam và lệnh khám xét nêu trên đã được Viện Kiểm sát cùng cấp phê chuẩn trước khi thi hành.