Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra nhiều vi phạm tại Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQGHN) và các trường thành viên trong giai đoạn 2021–2024, liên quan đến thu học phí, quản lý quỹ học bổng, tuyển sinh vượt chỉ tiêu, mở ngành đào tạo, quản lý ngân sách, đầu tư công và sử dụng tài sản công.