Đại tá Phùng Anh Lê từng giữ chức vụ Trưởng Công an quận Tây Hồ (Hà Nội).
Tháng 1/2019, ông Lê được Bộ Công an điều động, bổ nhiệm giữ chức Trưởng phòng Cảnh sát Kinh tế, Công an TP Hà Nội.
Sau đó, ông tiếp tục được Bộ Công an bổ nhiệm chức danh Tư pháp - Phó Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP Hà Nội.
Đại tá Phùng Anh Lê bị đình chỉ công tác để cơ quan chức năng làm rõ một số dấu hiệu xâm phạm hoạt động tư pháp khi ông Lê còn làm Trưởng Công an quận Tây Hồ.
Đến nay, toàn bộ hồ sơ vụ việc được Công an TP Hà Nội chuyển sang Cơ quan điều tra Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao thụ lý điều tra theo thẩm quyền.
